深圳新哲书院高中部课程设置的优势在于使学生既能达到国外中学课程的英语能力要求,又使学生的数理化学术能力强于其他国际学校的学生,同时,书院还开设了丰富的人文、艺术、体育以及课外社团课程，持续激发学生的学习兴趣。而高中课程在英语能力培养课程、批判性思维课程以及博雅(通识)课程的基础上,开设多达25门的AP (美国大学先修)课程,数量丰富，即使在美国的优质私立高中也并不多见。
主要开设科目有：
1、数学Math
AP计算机科学、AP微积分AB
AP微积分BC、多元微积分
AP统计学、AP计算机概论
2、科学Science
AP物理&2、AP化学
AP物理C-力学
AP物理C-电磁学
AP生物、科学实验
有机化学、AP环境科学
AP心理学
3、人文Humanities
AP微观经济学
AP宏观经济学
AP世界史、AP美国历史
AP欧洲史、AP文学
AP英语语言与写作
4、艺术与音乐Art&Music
AP平面设计
AP音乐理论
AP艺术史